有机肥所含养分不是万能的
有机肥料所含养分种类较多，与养分单一的化肥相比是优点，但是它所含养分并不平衡，不能满足作物高产优质的需要。有机肥肥效持久，养分释放缓慢，一般作为基肥施用。深耕时，施用有机肥利于土肥融合，促进土壤团粒结构的形成，可以有效改善土壤理化性质，增加土壤透气性。
有机肥分解较慢，肥效较迟
有机肥虽然营养元素含量全，但含量较低，且在土壤中分解较慢，在有机肥用量不是很大的情况下，很难满足农作物对营养元素的需要。而无机肥一般含量相对单一，易分解和被作物吸收，但后劲不足。因此，有机肥和无机肥要相互补充才能相得益彰。
有机肥需经过发酵处理
许多有机肥料带有病菌、虫卵和杂草种子，有些有机肥料中有不利于作物生长的有机化合物，所以均应经过堆沤发酵、加工处理后才能施用，生粪不能下地。
有机肥无论基施和冲施，最好配合生物肥施用
生物肥中的生物菌能加速有机肥中有机质的分解，使其更有利于作物吸收，同时能将有机肥中的一些有害物质分解转化，避免其对作物造成伤害。一般在基施有机肥时，可每亩配合施用生物肥150-200kg，作追施时，每亩可施入20-25kg。